Facultad de Ciencias
Facultad de Contaduría y Administración
Facultad de Estudios Superiores, Acatlán
Facultad de Estudios Superiores, Aragón
Facultad de Estudios Superiores, Cuautitlán
Facultad de Ingeniería
Facultad de Medicina
Facultad de Odontología
Escuela Nacional Preparatoria
Instituto de Ingeniería
Instituto de Investigaciones Bibliográficas 
Instituto de Investigaciones Jurídicas 
Instituto de Investigaciones sobre la Universidad y la Educación (IIUyE)
Centro de Ciencias Aplicadas y Desarrollo Tecnológico (CCADET)
Centro de Ciencias de la Atmósfera
Centro de Investigaciones en Energía, Temixco, Mor.
Centro Universitario de Investigaciones Bibliotecológicas (CUIB)
Dirección General de Administración Escolar (DGAE)
Dirección General de Asuntos del Personal Académico (DGAPA)
Dirección General de Bibliotecas (DGB)
Dirección General de Incorporación y Revalidación de Estudios (DGIRE)
Dirección General de Cómputo y Tecnologías de Información y Comunicación (DGTIC)
Dirección General de Control Presupuestal e Informática (DGCPeI)
Dirección General de Obras y Conservación (DGOyC)
Dirección General de Personal (DGPe)
Dirección General de Planeación (DGPL)
Dirección General de Presupuesto (DGPo)
Dirección General de Proveeduría (DGPr)
Dirección General de Servicios Administrativos (DGSA)
Dirección General de Servicios Médicos (DGSM)
Coordinación de Vinculación con el Consejo Universitario (CVIC)